目前，学者们设计部门级KPI的思路主要有两种，其一是根据企业级的KPI来设计各部门的KPI；其二是根据各部门的工作产出来设计各部门的KPI.在第一种设计思路下，企业级KPI被分解到了不同的部门，于是每个部门都有若干个KPI，部门之间的KPI各不相同。可是，对于某一个部门来说，其KPI的完成结果的好坏往往并不完全取决于其一个部门。要圆满完成这些KPI，往往还需要其它部门的大力支持和配合。可问题是，对于某一个部门来说，它应该为其它部门做的支持和配合工作往往并没有被纳入到它的KPI体系之中。于是，该部门即使支持和配合了其它部门，也只是帮其它部门完成了KPI，该部门自己并不能从中得到什么收益。相反，该部门即使不支持和配合其他部门，它也不会因此而遭受什么损失。这样一来，各部门便只顾埋头完成自己的KPI，对其它部门的支持和配合工作则被置于无足轻重的地位。如果企业根据各部门KPI的完成情况对各部门进行强制分布，那么各部门就更不愿去支持和配合其它部门了。

为解决上述的部门之间不相互支持和配合的难题，有一些学者提出了前述的第二种设计思路。具体做法是，通过分析部门的客户关系图来全面界定该部门的工作产出，进而据此来设计该部门的KPI.对某一部门而言，需要它提供支持和配合的其它部门都是它的内部客户，而它应该为其它部门做好的支持和配合工作，作为它对各内部客户的工作产出，都被纳入了该部门的KPI体系之中。这样一来，部门之间难以相互支持和配合的问题似乎就可以被解决了。遗憾的是，实际情况并非如此。

第二种设计思路在实践中存在着以下两大问题。第一个问题，某一部门应该为其它部门做的支持和配合工作，对于该部门来说不一定全都是它的关键职责，因此就不应该全都被列入该部门的KPI体系之中。若硬要将所有这些对其它部门的支持和配合工作都列入该部门的KPI体系之中，如果该部门的内部客户有多个，那么该部门的KPI的数量将不得不成倍地增加，以至于KPI不再像KPI而沦为了普通的PI.第二个问题，对于某一个部门来说，即使将它应该为其它部门做的支持和配合工作都纳入到了它的KPI体系之中，该部门也不一定就真心实意地支持和配合其它部门。这是因为，每个部门在为其它部门做支持和配合工作时，主要考虑的是如何以最小的付出来完成那几个与对其它部门的支持和配合工作相对应的KPI，至于其它部门在它的支持和配合下能否顺利地完成它们相应的KPI，对它来说就是无关紧要的了。我们将某一部门对其它部门的支持和配合工作也纳入到该部门的KPI体系之中目的，是促使该部门努力做好对其它部门的支持和配合工作。可是，这绝对不是我们的最终目的。我们的最终目的是，在该部门积极主动的支持和配合下，被它支持的部门能够顺利地完成其相应的KPI.如果被支持部门相应的KPI的实际完成情况并不好，那么该部门的支持和配合工作本身做得再好也毫无意义。因此，针对某一部门所做的支持和配合工作本身设计KPI来对该部门进行考评是没有多大意义的，应该根据被它支持的部门相应的KPI的实际完成情况来对它进行考评才真正有意义。

根据经验，在企业级KPI被设计好之后，部门级KPI应该这样来设计：对每一个企业级KPI进行分析，将它们分成三类：企业内通用KPI、部门间通用KPI、部门专用KPI.企业内通用KPI的特征是，该KPI的完成需要企业内所有部门的相互支持和配合。部门间通用KPI的特征是，该KPI的完成需要某两个或多个部门的相互支持和配合。部门专用KPI的特征是，该KPI的完成只需某一个部门的努力即可。假设X是企业级KPI之中的一个，若X属于部门专用KPI，则可将其直接列入所对应的那个部门的KPI体系之中；若X属于企业内通用KPI，则可将其直接列入每个部门的KPI体系之中，只不过X在不同部门的KPI体系之中所占的权重是不尽相同的；若X属于A、B、C三部门间通用KPI，则可将X分别列入A、B、C三部门的KPI体系之中，只不过X在A、B、C三部门的KPI体系之中所占的权重是不尽相同的。这样一来，每一个企业级KPI都有一个或多个部门对其负责，保证了该KPI的真正落实和顺利完成。更为重要的是，每一个非部门专用的企业级KPI都被列入到了对其完成有直接影响的、需要相互支持和配合的某两个或多个部门的KPI体系之中，这便促使这几个部门为了完成共同的KPI而真正做到相互支持和配合。